先天性角膜营养不良可以采用药物治疗、佩戴软性角膜接触镜、或者手术治疗。先天性角膜营养不良常见的有上皮基底膜营养不良、颗粒状角膜营养不良、Fuchs角膜内皮营养不良。治疗药物是5%氯化钠滴眼液和眼膏、透明质酸钠或甲基纤维素等粘性润滑剂，保护角膜上皮。上皮剥脱明显，可以佩戴软性角膜接触镜。还可以采用YAG激光或准分子激光去除糜烂的角膜上皮，重建光滑的角膜表面，可以促进新上皮的愈合。视力明显受损，可以做穿透性角膜移植术。