支气管镜副作用比如出现比较明显的刺激性咳嗽，甚至恶心、呕吐。另外由于气道黏膜比较菲薄，很可能在支气管内镜进入后对气道黏膜造成损伤而引起出血。支气管内镜如果频繁的进行操作，很可能会导致气道内有炎症反应而继发细菌感染，引起支气管炎甚至导致吸入性肺炎。患者有可能会因出现咽喉部的损伤，而有声音嘶哑或短暂的失声，此时可通过观察处理，必要时口服润喉药物对症处理。部分患者在术后有可能会出现发热的症状，多考虑为局部支气管冲洗或导致局部感染的蔓延而引起。部分患者还可出现不同程度的咳血，可以为痰中带血。