真菌感染肺部疗程一般需要半个月以上，具体要结合自身情况来确定，真菌感染都是比较顽固的，如果身体素质不行还需要延长疗程，真菌感染肺部一般是通过输液治疗，平时要多注意休息，饮食要清淡，不吃辛辣刺激食物，要多喝水，注意保暖，减少复发可能性。肺部真菌感染可以分为多种情况，比如肺部念珠菌感染，肺部念珠菌感染治疗所需时间两周左右。肺部曲霉菌感染也是肺部真菌感染常见的一种类型，治疗的时间个体差异很大，总体上来讲需要较长的时间，可能长达3~6个月，甚至免疫缺陷的患者治疗所需的时间会更长。