急性期或严重的沙眼，全身应用抗生素一般需要用药3~4周，局部用药疗程最少10~12周。全身应用抗生素，常用的是四环素。孕妇、哺乳期妇女、七岁以下儿童可以选用强力霉素，或者口服红霉素或螺旋霉素。局部可以使用0.1%利福平、0.5%金霉素、磺胺类滴眼液等点眼。四环素、红霉素、磺胺等眼膏涂眼。如果沙眼出现并发证，需要进行手术治疗。睑内翻需要行睑内翻矫正术。睑球粘连需要行角膜缘干细胞移植、人羊膜移植等重建眼表手术。角膜混浊且无明显干眼症者，行角膜移植术。