肠侵袭性大肠埃希杆菌感染可通过药物来进行治疗，常用的药物主要有氟喹诺酮类和磺胺类药物，疗程大概在3~5天左右。如果患者服用后症状没有得到缓解，很有可能是出现了耐药性，应及早到医院进行更换药物。患者在发病期间还可以服用一些益生菌，重新建立菌群，有助于缓解症状。在抗感染治疗的同时，还需要对症治疗，以维持患者的基本生命体征，这类疾病往往伴随发热腹痛，一般需要给予退热以及止痛治疗。由于大量腹泻患者往往会伴随脱水症状，一般需要给予静脉补充血容量的治疗。