常用的治扁平疣的药膏，有2.5%到5%的氟尿嘧啶软膏，还有0.1%的维A酸类的凝胶、干扰素凝胶还有咪喹莫特软膏等等，以上都可治疗扁平疣。外用药治疗扁平疣分为抗病毒药和具有剥脱性或腐蚀性作用的药。常见的抗病毒外用药有，干扰素、咪喹莫特乳膏、5氟尿嘧啶、阿昔洛韦等。剥脱性的药物主要是维A酸和水杨酸的外用制剂，如维A酸软膏，他扎罗汀凝胶和10%水杨酸软膏等。还有一些具有腐蚀性同时兼具抗病毒作用的药物，如鬼臼毒素酊等。还有中药膏剂，如鸦胆子等。