临床上治疗流行性脑脊髓膜炎首选抗生素进行药物治疗。一般建议选择一些容易透过血脑屏障的抗生素来进行治疗。临床上一般建议选择万古霉素或者是使用利奈唑胺。同时对于患者进行腰椎穿刺，留取少量的脑脊液进行细菌培养和药物敏感实验。根据实验的结果选择敏感抗生素进行药物治疗，效果更好。除此以外，必要时应使用脱水剂来进行治疗，帮助降低颅高压，一般建议选择使用甘露醇或者是速尿。有些患者出现高热，频繁惊厥，或者是有严重脑水肿的情况，可以配合使用亚冬眠疗法来进行治疗。