病情分析：

孩子早上起床的时候会咳嗽两声，可能是正常的生理现象，也可能是上呼吸道感染、过敏性咳嗽、支气管炎、支原体肺炎等引起的，需根据具体病因进行治疗。

1、正常的生理现象

孩子早上起床时，由于冷空气刺激，可能会出现咳嗽的症状，一般属于正常的生理现象，不需要特殊治疗。日常注意保暖，避免受凉。

2、上呼吸道感染

如果孩子晚上睡觉时不注意保暖，可能会导致上呼吸道感染，从而出现咳嗽、流鼻涕等症状。可以遵医嘱服用小儿氨酚黄那敏颗粒、阿莫西林颗粒等药物治疗。平时可以多喝温开水，促进身体新陈代谢。

3、过敏性咳嗽

如果孩子属于易过敏体质，早上起床时接触尘螨、花粉等，可能会刺激呼吸道，出现咳嗽、打喷嚏等症状。可以遵医嘱服用氯雷他定颗粒、盐酸西替利嗪糖浆等药物治疗。

4、支气管炎

如果孩子吸入细菌、病毒等，可能会诱发支气管炎，出现咳嗽、咳痰等症状。可以遵医嘱口服头孢克洛颗粒、阿莫西林颗粒等药物治疗。平时可以吃鸡蛋、鱼肉等富有营养的食物，提高身体免疫力。

5、支原体肺炎

孩子身体免疫力低下，支原体感染肺部，可能会产生炎症反应，出现发热、头痛、肌肉酸痛等症状。可以遵医嘱口服阿奇霉素颗粒、罗红霉素颗粒等药物治疗。同时，可以喝适量的温开水，促进身体新陈代谢。

建议患者及时就医，明确具体病因后进行对症治疗，以免延误病情。