病情分析：先天性肛门闭锁手术后遗症概率低。
由于该疾病需要通过手术进行治疗，手术后遗症的发生与手术操作、术后护理等因素有关。如果手术操作规范、术后护理得当，通常可以减少并发症的发生，从而降低后遗症的风险。然而，每个宝宝的情况都有所不同，因此仍需密切监测和评估术后恢复情况。