病情分析：

停经42天，检查孕酮39pmol/L，一般是正常的生理现象，但也不排除是先兆流产、宫外孕导致的。建议患者根据引起的原因，进行针对性治疗。

1、正常的生理现象

女性停经后，卵巢会停止排卵，此时体内的孕酮水平会逐渐下降。通常情况下，孕酮正常值在0.86nmol/L~4.7nmol/L之间。如果女性停经42天，检查孕酮39pmol/L，则偏低，可能是由于情绪变化、寒冷刺激等因素导致的。一般属于正常的生理现象，不需要进行特殊治疗。建议患者保持良好的心态，注意休息，避免过度劳累。同时，也可以适量进食富含雌激素的食物，如大豆、鸡蛋等，有助于改善症状。

2、先兆流产

先兆流产通常是指在妊娠28周之前出现的流产情况。由于胎儿发育尚不稳定，患者可能会出现腹痛、阴道流血等症状。如果患者出现先兆流产情况，也可能会出现上述情况。建议患者及时就医，可以在医生指导下使用地屈孕酮、黄体酮等药物进行保胎治疗。必要时，患者需要通过清宫术等方式进行手术治疗。

3、宫外孕

宫外孕通常是指受精卵在子宫腔以外的部位着床发育。如果受精卵着床在输卵管，可能会引起宫外孕的情况。临床上一般会表现为停经、阴道流血、腹痛等症状，患者可能会出现上述情况。建议患者及时就医，在医生指导下通过手术的方式进行治疗。

除此之外，黄体功能不全、卵巢功能减退等疾病也可能会引起上述情况，建议患者及时就医，查明具体原因后对症治疗，以免延误病情。