病情分析：男性尿道拭子检查时疼痛哭闹可能与局部组织损伤、尿道狭窄、尿道结石等因素有关。
上述提及的情况可能导致尿道受到机械性压迫或损伤，引发疼痛。进行尿道拭子检查时，探针会摩擦尿道黏膜，导致局部受损，进而产生疼痛感，表现为哭闹。
如果患儿存在尿路感染，则在做尿道拭子检查时可能会因为刺激而出现疼痛哭闹的现象。此外，若儿童有先天性尿道畸形，也有可能会出现上述症状。
进行尿道拭子检查时应轻柔操作以减少患儿不适，并注意观察其反应。必要时可给予局部麻醉减轻疼痛，确保检查顺利进行。