病情分析：

怀孕一般是指妊娠，阴超是指阴道B超。妊娠39天做阴道B超看不到孕囊，可能是怀孕时间比较短、胚胎停止发育等原因引起的，但也不排除是异位妊娠导致的，需要积极配合医生进行治疗。

1、怀孕时间比较短

如果女性的自身体质比较弱，而且正处于妊娠早期，此时怀孕时间比较短，在进行B超检查时，可能会出现看不到孕囊的情况。这属于一种正常的现象，一般是不需要进行任何治疗的，也不需要过分担心。

2、胚胎停止发育

如果女性在妊娠期间，不注意自身的护理，可能会导致胚胎停止发育，在进行B超检查时，也会出现看不到孕囊的现象。建议女性通过清宫手术终止妊娠，术后要保持局部的清洁，避免出现感染的情况。

3、异位妊娠

多考虑是输卵管炎症、输卵管发育不良等原因引起的，可能会出现受精卵着床在子宫体腔以外的情况，此时进行B超检查，也会出现看不到孕囊的情况。建议女性通过手术终止妊娠，术后要注意多卧床休息，避免进行剧烈运动。

除了以上比较常见的原因以外，还可能与子宫肌瘤等原因有关，建议及时就医。