病情分析：停经41天不可以进行药物流产。
停经41天属于怀孕早期，此期胚胎着床不稳定，如果进行药物流产可能会导致流产不全或者引起宫腔感染等并发症，因此不能进行药物流产。
停经41天时，若通过超声检查证实为宫内妊娠，则可遵医嘱使用米非司酮、米索前列醇等药物进行药物流产；但若是异位妊娠则禁止使用此类药物终止妊娠。
需要注意的是，在进行药物流产之前应进行全面的身体检查，并按医嘱进行用药。药物流产后需注意观察阴道出血情况，保持外阴清洁干燥，避免感染。