病情分析：

子宫内膜异位症月经干净了还疼，可能是由于经血排出不畅、炎症刺激、病情复发等原因所引起。

1、经血排出不畅

子宫内膜异位症可能会导致子宫内膜脱落，经血无法正常排出，淤积在宫腔内，导致经血排出不畅，可能会引起腹部疼痛。

2、炎症刺激

子宫内膜异位症患者可能会出现盆腔区域疼痛、月经异常等症状。如果没有及时治疗，可能会导致病情加重，出现经血量增多、经期延长等症状。

3、病情复发

如果经过一段时间治疗后，病情没有得到控制，可能会导致病情再次复发。

除此之外，也可能是子宫内膜异位囊肿等原因所引起，建议及时就医治疗。