病情分析：精子畸形率高达99%情况下怀孕了不建议保留。
由于精子畸形率过高，可能会导致胚胎染色体异常，从而引起反复自然流产或者胚胎停育的情况发生。
虽然男性精液中正常形态的精子数量过少，但若其仍具有一定的活动能力，则可能与卵子结合形成受精卵，并且在子宫内膜良好、营养充足的情况下继续妊娠。
如果女性患者已经成功受孕，应定期进行产前检查，监测胎儿发育情况，同时注意避免接触有害物质，保持良好的生活习惯。