病情分析：怀孕五十多天药流一般不能流干净 。药物流产的指征是在怀孕四十九天内，如果超过四十九天，药物将无法杀死胚胎，会导致药物流产失败。此外，药物流产前应进行B超诊断。如果B超检查后药物流产超过七周，只能人工流产。人工流产可以进行无痛流产，堕胎过程中不会有痛苦。因此，怀孕五十多天药流一般不能流干净。