病情分析：男性衣原体感染多久能自愈，要根据患者的具体情况决定 。多数情况下经过四周左右的时间可以自愈，若相关不适症状消失，即使治愈在没有做好性保护的情况下，也可能会再次被感染。若药物疗程不足，治疗不彻底，也容易导致症状反复发生。需要辅助分泌物涂片化验检查，明确诊断后，根据个体情况，制定适宜的疗程。