病情分析：精子头部缺陷率98%通常意味着严重的精子形态异常，此时怀孕概率较低。
精子头部是携带遗传物质的重要部位，其结构异常可能影响遗传信息传递给卵细胞，导致受精失败或胚胎发育异常，从而降低怀孕概率。
若患者存在生殖道感染、长期禁欲等原因可能导致精子形态改变，但不会影响精子活性，因此也不会影响怀孕。
男性在备孕期间应保持均衡饮食，避免吸烟酗酒，并定期进行体检以确保生育能力处于最佳状态。