病情分析：射精时输精管疼痛伴有小便痛可能是输精管炎、附睾炎、尿路感染等原因引起的，需及时就医诊治。
这些疾病都可能导致生殖系统和泌尿系统的不适症状，如输精管炎或附睾炎可引起输精管肿胀和疼痛，而尿路感染则会导致膀胱和尿道的炎症反应，进而引发排尿困难和疼痛。
如果患者还伴随有发热、乏力等症状，则可能为急性细菌性前列腺炎所致。此外，也不排除是输精管结核、输精管结石等非特异性病变导致的。
在诊断明确前，应避免过度紧张和焦虑，并保持良好的个人卫生习惯。同时，建议患者多喝水，以促进排尿和减少尿液浓度，但要避免憋尿。