病情分析：尿液颜色深，右肾隐隐作痛，可能是泌尿系感染所致 。泌尿系统感染，特别是合并肾盂肾炎，可引起右肾区隐痛。常伴有尿路感染的临床症状，如尿频、尿急、疼痛和肾区叩击痛。肾盂、肾盏和右输尿管结石后可出现局部梗阻，轻度或中度肾积水可导致右肾区隐痛。肾盂炎症合并右肾周炎、肾周积液和脓液可导致右肾隐痛。当有腰椎疾病、胆囊和肝脏疾病时，右肾区也会出现反射性隐痛。