病情分析：凌晨三点胃疼可能是十二指肠溃疡等疾病引起的。如果半夜三点有胃痛，可以喝温水暖胃，口服抗酸药缓解疼痛。常用药物有奥美拉唑、泮托拉唑、埃索美拉唑、艾普拉唑等。如果经常在半夜出现胃痛，建议做胃镜检查进一步明确病因，并根据检查结果给予规范的药物治疗。平时注意饮食清淡，避免辛辣刺激。