病情分析：打完百白破疫苗后发烧39度可能是注射部位感染、注射疫苗反应、中枢神经系统感染、败血症、百日咳杆菌感染等引起的，需根据具体因素进行针对性治疗。建议患者及时就医，明确诊断。
1.注射部位感染
由于针头消毒不彻底或者局部皮肤卫生不佳导致细菌侵入机体，在接种后出现炎症反应和体温上升。可遵医嘱使用抗生素如青霉素、阿莫西林等进行抗感染治疗。
2.注射疫苗反应
注射疫苗后，身体对疫苗产生免疫应答，引起发热反应。一般不需要特殊处理，注意休息，增加水分摄入即可缓解。
3.中枢神经系统感染
如果患者本身存在中枢神经系统的病变，此时接种百白破疫苗可能会诱发感染的发生，使患者出现头痛、呕吐等症状，同时伴有发热的情况发生。针对此类情况，建议完善脑脊液分析、磁共振成像等相关检查以确定诊断。确诊后需及时就医接受专业治疗。
4.败血症
若患者自身免疫力低下且未做好护理工作，则可能导致接种部位受到细菌污染而诱发败血症，进而出现高热的现象。对于败血症所致的发热，需要选用敏感的抗生素进行治疗，如头孢曲松钠、亚胺培南-西司他丁钠等药物。
5.百日咳杆菌感染
百日咳杆菌通过呼吸道传播进入人体，刺激机体产生免疫应答，导致咳嗽、发热等症状。百日咳杆菌感染的治疗通常采用抗生素治疗，例如阿奇霉素或多西环素。
此外，患者应注意休息，保证充足的睡眠时间，有利于促进病情恢复。若持续高烧不退，应及时前往医院就诊，以免延误病情。