病情分析：男性生殖器疼痛原因如下：1、如果阴茎在疲软的状态下感到疼痛，常见原因有阴茎头、尿道、膀胱以及前列腺的感染、炎症、结石。2、如果是阴茎头炎或包皮炎，包皮和阴茎头红肿、发痒、疼痛，严重时会出现溃疡。3、阴茎在勃起时出现疼痛，有可能是阴茎海绵体硬结症、尿道下裂，或阴茎异常勃起等疾病。