病情分析：肛瘘手术两个月伤口疼痛可能是局部有感染。肛瘘术后两个月 ，若伤口已愈合再次出现疼痛，应尽快去肛肠科，或请手术医生进行局部肛门检查，观察手术伤口是否完全愈合。若疼痛是由手术疤痕引起，可以用药物对症治疗，若伤口疼痛是由于再次感染和脓液形成，应尽快切开引流，并及时更换敷料以促进伤口愈合。