病情分析：半夜两三点肛门痛醒如果疼痛时间不是很长或不经常发生，有可能是肛门肌肉痉挛引起的疼痛症状 。有些是由于肛门周围肌肉长期受压造成，其他原因是肛门肌肉和神经的异常调节。除此之外，还有可能是由患有精神和心理疾病的患者造成。比如抑郁症和焦虑症可导致严重的肛门疼痛，而无诱因并且肛门没有器质性病变。