病情分析：该男孩可能存在包皮过长、局部感染或其他先天性异常等问题。
三岁男孩阴茎上的疙瘩可能源于多种原因，包括但不限于：包皮过长导致的积垢或炎症、尿道口囊肿、脂肪瘤、表皮样囊肿等。这些都属于较为常见的疾病，但需要由医生进行详细检查和确诊。
此外，还有可能是由于外伤引起的血肿或者过敏反应所致。这种情况通常伴有疼痛或瘙痒感，并且在触摸时可能会有压痛。
建议家长带孩子到医院泌尿外科就诊，以排除任何潜在的健康风险。日常生活中应保持局部清洁干燥，避免使用刺激性强的洗液，以免加重症状。