病情分析：怀孕40天孕酮低可能是宫外孕 。若孕酮水平低而血管绒毛膜水平升高，则应进行盆腔彩色多普勒超声检查以确定是宫内妊娠还是宫外孕，并进行动态观察。若通过检查确定宫外孕，应住院治疗，根据症状、妊娠包块大小、血管绒毛膜值等考虑治疗方法，可以先用孕酮治疗，密切观察胚胎发育情况。