病情分析：沙眼衣原体尿道炎转阴了还是不舒服的原因有以下几种：一、沙眼衣原体伴随其它的细菌或者微生物感染，如葡萄球菌、革兰氏阴性杆菌、支原体、病毒、滴虫等 。二、沙眼衣原体感染导致尿道局部炎性增生，增生的组织刺激尿道，所以有不舒服的感觉。三、检测的结果有误差，虽然转阴了，实际还有沙眼衣原体残留。应该进一步检查，明确了原因再处理。