病情分析：患者在进行痔疮手术三个月以后，肛门仍然疼痛，首先，可能是患者肛门痔疮切口比较多，术后排便习惯不好，影响肛门切口愈合 。因此，在手术三个月以后，切口仍然疼痛明显，患者要尽量的保持大便通畅，可以外用消炎止痛栓治疗。其次，患者可以便后使用生理盐水或者高锰酸钾水进行熏洗坐浴，并外用麝香痔疮膏或痔疮膏治疗。