病情分析：三个月宝宝大便酸臭味，可能是母乳没有得到充分的消化和吸收，蛋白质没有完全分解，所以会出现大便酸臭的情况。其次，也可能是消化不良、肠道菌群失衡、急性肠炎导致的。当肠道出现菌群失衡时，肠道中的有害细菌会与食物残渣发生反应，产生酸臭味道且伴粪便一起排出，排便时的味道也是酸臭的。