病情分析：新生儿吞咽困难的原因通常包括以下几种情况。功能性的吞咽障碍可能是原因之一，这可能由于新生儿发高烧、扁桃体化脓或上呼吸道炎症等引起。这些原发疾病得到控制后，吞咽障碍通常会随之改善。另一种可能是瘫痪性吞咽障碍，它与脑血管病或变性疾病相关，尤其是由咽肌功能障碍引发的吞咽障碍。