病情分析：怀孕三个月了一直肚子不舒服，首先，可能是生理性的腹痛，或腹部不舒服。怀孕时随着子宫增大和腹部增大，子宫对周围脏器有挤压，子宫周围的韧带也会受到牵拉，导致孕妇不舒服。其次，有可能是病理现象的存在，可能是妇科的疾病，或者是肠道方面的疾病。另外，也可能是饮食不注意，生活作息不规律引起肠胃功能紊乱。