病情分析：新生儿胆总管囊肿手术是存在一定风险的。如果患儿囊肿比较大、炎症、粘连或者侵犯了肝内，甚至到胰腺内部，在手术中可能会出现大出血、血管损伤、胰腺损伤、肝脏受损等情况，也有可能在术后出现胆肠吻合口瘘、胰腺瘘、胃肠功能排空障碍、继发腹腔感染、以及伤口并发症等。因此胆总管囊肿手术是比较复杂，且存在一定风险的手术。