病情分析：射精的时候输精管疼痛，可能是精囊炎导致的。男性射精后输精管疼痛，主要是由于精囊炎或输精管炎引起的。引起精囊炎和输精管炎的病原体应具体区分，较常见的是由于泌尿系感染、继发性前列腺炎和生殖系统炎症。在这种情况下，可以检查前列腺液和精液常规，确定病原体后选择敏感的抗生素治疗。