病情分析：停经39天看不到孕囊是否正常，应根据患者的自身月经周期是否规律来决定 。如果患者平时的月经周期规律，28到30天左右月经来潮，停经39天的早孕在B超里就可以看到孕囊。而如果月经周期不规律，在停经39天的时候可能不会发现孕囊，则需要再观察一周的时间，进行B超复查。这种情况患者不用太过于担心，考虑是月经不规律怀孕的时间较短。