病情分析：早晨起来肾区疼痛可能原因如下：1、患有肾脏结石或患有输尿管结石，可以出现肾区的疼痛。2、如果患有肾盂肾炎，可以出现肾区疼痛。3、如果白天有过重体力劳动，在晨起后可有腰区的酸困疼痛等，可能为腰肌劳损所致，误认为是肾区的疼痛。4、存在肾脏的占位性疾病，如肾肿瘤或者肾盂的肿瘤等，都可能有肾区的疼痛，可能会伴有肉眼血尿，需要进行肾脏的CT检查确诊。