病情分析：卡氏肺孢子虫肺炎会导致咳嗽咳痰，肺脏组织纤维化以呼吸困难为主要的表现，早期症状并不明显，主要是上呼吸道感染肺炎的正临床表现，咳嗽咳痰发热。建议要到专业的呼吸内科来进行明确的判断，来选择机械通气的治疗方式，同时要进行改善肺泡通气的药物营养对症等综合的治疗方案。