病情分析：新生儿衣原体感染表现为结膜炎和肺炎，伴随结膜充血、水肿等眼部症状以及呼吸困难、咳嗽等肺部表现。
新生儿衣原体感染由沙眼衣原体引起，可通过垂直传播进入新生儿体内。衣原体在繁殖时产生的毒素刺激呼吸道和结膜，引发炎症反应，进而出现相应的临床表现。
此外，若新生儿存在免疫缺陷病史或长期使用免疫抑制剂，可能因机体免疫力低下而易感衣原体感染。
因此，在新生儿衣原体感染的情况下，应密切监测病情变化，特别是注意观察眼部和肺部的症状发展，并遵循医生的指导进行治疗。