病情分析：您提出的问题，两岁男孩生殖器里有脓，小孩说疼。一般情况下可能与局部感染有关系，比如包皮过长导致局部感染等。建议到正规三甲以上医院泌尿外科检查一下。可以做尿常规检查和麋鹿涂片检查等。查找病因对症治疗，必要时可以遵医嘱使用抗生素类药物治疗，生活中注意调养，保持局部卫生，多喝水，多排尿。如果有包皮过长还是大一些，建议手术治疗。