病情分析：

停经39天孕酮16.53ng/ml一般是正常的。

孕酮是女性体内的一种性激素，主要是由于卵巢黄体分泌，可以维持正常的月经周期，同时还可以促进受精卵着床，能够为胎儿的生长发育提供保障。正常女性在停经后的孕酮值在5.0ng/ml~25.0ng/ml之间，因此停经39天孕酮16.53ng/ml属于正常现象，一般是不需要过分担心的。

如果女性停经以后出现孕酮偏低的情况，可能是黄体功能不全造成的，也可能与内分泌紊乱等原因有关，建议患者及时到正规医院进行检查并治疗，以免延误病情。