病情分析：三个月宝宝囟门凹陷可能是由维生素A缺乏、维生素D缺乏、钙质缺乏、甲状腺功能减退、脑积水等引起的，需根据具体因素进行针对性治疗。建议患者及时就医，明确诊断。
1.维生素A缺乏
维生素A缺乏导致眼肌和视网膜发育不全，引起夜盲、视力下降等症状。可通过口服维生素A油滴剂进行补充。
2.维生素D缺乏
维生素D促进钙磷吸收，缺乏时易导致佝偻病，影响骨骼发育，进而影响头颅结构，出现囟门早闭的情况。可遵医嘱使用维生素AD滴剂、维生素D3软胶囊等药物进行治疗。
3.钙质缺乏
缺钙会影响骨骼生长，可能导致囟门过早关闭，从而出现囟门凹陷的现象。可以适当食用含钙量较高的食物如牛奶、虾皮等，也可以遵照医生的意见服用葡萄糖酸钙片、碳酸钙D3咀嚼片等补钙制剂。
4.甲状腺功能减退
由于甲状腺激素合成不足，影响了身体的新陈代谢，造成水肿，使头部体积增大，压迫前囟门，导致囟门凸出。当病情得到控制后，肿胀消退，囟门恢复原状。患者可在医生指导下使用左甲状腺素钠片、甲状腺片等药物进行治疗。
5.脑积水
脑脊液循环受阻或者产生过多而吸收障碍，会导致脑室系统扩大，颅内压增高，颅骨缝被牵拉变宽以适应增大的大脑，因此囟门处会出现膨隆。轻度脑积水可先试用利尿脱水剂如、氢等，严重者需行脑室-腹腔分流术。
建议密切观察囟门凹陷情况，定期带孩子到医院做血液生化、头围测量等相关检查。必要时，还需要完善头颅超声波检查、磁共振成像等影像学检查，以便及时发现并处理任何潜在的问题。