病情分析：

药流孕囊排出后三天肚子疼可能是正常的现象，也可能是宫腔感染、宫腔残留等原因导致的。

1、正常现象

药流后孕囊排出，会对子宫造成一定的刺激，从而出现腹痛的症状。一般是正常的现象，不需要过分担心，也不需要特殊治疗，随着时间推移，症状会逐渐减轻。

2、宫腔感染

如果药流后不注意个人卫生，可能会导致宫腔感染，出现腹部疼痛、阴道分泌物增多等症状。患者可以遵医嘱口服阿莫西林胶囊、头孢克肟胶囊等药物治疗。

3、宫腔残留

如果药流不干净，可能会导致宫腔内有残留的胚胎组织，出现阴道不规则出血、腹部疼痛等症状。患者可以通过清宫术治疗。

除此之外，还可能是盆腔炎等原因引起的，建议及时就医治疗。