病情分析：孕40天只有孕囊没有胎心胎芽可能是正常现象，也可能与染色体异常有关。
正常情况下，在孕6-7周可以通过超声检查看到胎心、胎芽，如果在孕40天只看到孕囊，则是属于正常的现象。因为此时怀孕的时间比较短，所以无法观察到胎心以及胎芽。但如果患者本身有染色体异常的问题，则可能导致早期妊娠失败，进而表现为孕40天只有孕囊没有胎心胎芽的情况。
此外，若孕妇存在黄体功能不足或甲状腺功能减退等问题时，也可能会导致胚胎停育，从而出现上述症状。
建议孕妇定期复查超声检查以监测胎儿发育情况，同时关注任何不适症状如腹痛、阴道流血等，并遵循医生指导完善相关检查。