指甲内侧长了一层肉，剪短就痛可能是正常现象，也可能是外伤、甲沟炎、甲癣、扁平疣等原因导致的，建议患者根据不同的原因选择不同的治疗。
1、正常现象
可能是由于修剪指甲时，不小心剪伤指甲内侧的皮肤，从而导致患者出现上述症状。如果没有其他不良症状，一般不需要特殊处理，随着时间的推移，该症状会逐渐消失。
2、外伤
可能是由于指甲受到外力的撞击，从而导致指甲内侧的皮肤受到损伤，出现上述症状。如果患者没有其他不良症状，一般不需要特殊处理，随着时间的推移，该症状会逐渐消失。患者也可以通过冷敷的方式来缓解症状。
3、甲沟炎
甲沟炎是指甲周围软组织的急性化脓性感染，可能与指甲修剪过短、局部外伤等因素有关，患者可能会出现指甲内侧红肿、疼痛等症状。建议患者可以在医生的指导下使用鱼石脂软膏、夫西地酸乳膏等药物进行治疗，也可以通过超短波理疗的方式来缓解症状。
4、甲癣
甲癣通常是由于皮肤癣菌感染所引起的指甲病变，一般会导致指甲颜色发生改变，出现指甲内侧长了一层肉的情况，还可能会伴有指甲增厚、变空的症状。患者可在医生指导下口服伊曲康唑胶囊、氟康唑胶囊等药物进行治疗。
5、扁平疣
扁平疣是由人乳头瘤病毒感染引起的，可能会导致指甲部位出现良性赘生物，部分患者可能会出现疼痛、瘙痒等症状。建议患者可以在医生的指导下使用咪喹莫特乳膏、他扎罗汀乳膏等药物进行治疗，也可以通过液氮冷冻治疗、激光治疗等方式进行治疗。
患者应及时到医院就诊，在医生指导下完善相关检查，明确病因，并进行相应的治疗，以免延误病情。在日常生活中，患者要注意合理休息，避免过度劳累，保证充足的睡眠时间，避免熬夜。建议患者清淡饮食，避免辛辣油腻的食物，可以适当食用富含维生素、纤维的水果蔬菜，有利于补充患者身体所需。