脑干损伤三个月终于醒了可能是由于患者脑干功能区没有受到严重的损害，同时也没有出现严重的并发症，因此经过积极有效的治疗之后，患者终于醒了。
脑干是人体重要的结构，其中包含有大脑与外周神经的神经传导系统以及各种重要的神经核团，维持着人体的意识、觉醒和呼吸等重要功能。脑干损伤可能会破坏这些重要的结构，进而导致昏迷。患者的脑干损伤后，脑干的网状激活系统受到了破坏，这是维持意识的关键结构。如果这个系统被破坏，就会导致昏迷。但是，如果患者的脑干损伤不是特别严重，或者水肿等继发性损伤逐渐消退，那么网状激活系统有可能恢复正常功能，从而唤醒昏迷的患者。此外，合理的治疗措施对于脑干损伤患者的唤醒也起着重要的作用，如药物治疗、高压氧治疗、促醒治疗、针灸理疗以及康复训练等，都有可能对患者的恢复产生积极的影响。
综上所述，患者出现上述情况是一种病情逐渐好转的现象，但患者仍需密切观察自身变化情况，若出现明显不适症状时，应尽早就医治疗，以免延误病情。