巧克力囊肿一般指的是卵巢巧克力囊肿，子宫内膜异位症不是卵巢巧克力囊肿。
子宫内膜异位症是指子宫内膜组织生长在子宫腔与子宫肌层以外的部位，病因不明，可能与经血逆流、医源性种植、免疫因素等有关。患者会出现痛经、月经异常、性交痛等症状，还可能会出现不孕、月经异常等症状。卵巢巧克力囊肿是指子宫内膜异位症的病变部位在卵巢，是由于子宫内膜组织生长在卵巢表面，周期性出血形成的囊肿，与子宫内膜异位症的病因不同。因此，子宫内膜异位症不是卵巢巧克力囊肿。
对于子宫内膜异位症的患者，可以在医生的指导下使用达那唑、亮丙瑞林、戈舍瑞林等药物进行治疗。对于卵巢巧克力囊肿的患者，则可以通过手术的方式进行治疗，常用的手术方式有腹腔镜手术、腹腔镜下卵巢囊肿剥除术等。建议患者遵医嘱定时复查，了解病情的变化情况。