绝经后巧克力囊肿一般不会消失。
巧克力囊肿是指异位的子宫内膜在卵巢内生长从而形成的囊肿，属于子宫内膜异位症的一种，当患者绝经后，由于卵巢功能出现生理性衰退，雌激素水平出现下降，异位的子宫内膜也会出现生长，从而导致卵巢巧克力囊肿的出现。通常这种囊肿是不会消失的。巧克力囊肿患者可以在医生的指导下服用孕三烯酮胶囊、达那唑胶囊等药物进行治疗，可以缓解疼痛症状，并且促进囊肿的吸收，如果患者症状比较严重，也可以通过手术进行治疗，需要根据患者的病情选择合适的手术方式，常用的手术方式包括囊肿剥除术、卵巢切除术等。
建议患者在日常生活中要注意饮食清淡，避免食用辛辣刺激性食物，例如辣椒、花椒等，以免导致病情加重，还需要注意避免食用生冷食物，例如冰淇淋、西瓜等。同时，患者还需要注意适当进行运动，例如慢走、快走等，能够增强自身免疫力，增强抗病能力。