通常情况下，新生儿可以吃益生菌调理胃肠道，但在服用时需要遵医嘱按照剂量服用，不可自行盲目用药。
益生菌是肠道内的有益菌，可以调节肠道菌群，改善新生儿的肠道功能，新生儿出现胃肠道菌群紊乱的情况时，可遵医嘱吃益生菌进行调理。益生菌通常可以发挥分解食物中营养物质的效果，还可以促进营养的吸收，起到辅助增强免疫力的作用。新生儿在服用益生菌时，需要在医生指导下合理、规范使用，不可自行盲目使用，以免对新生儿的身体健康造成不利影响，此外，必要时还可以在医生指导下使用地衣芽孢杆菌活菌颗粒、双歧杆菌三联活菌散、枯草杆菌二联活菌颗粒等药物进行改善。
在日常生活中，家长还可以给新生儿适当吃新鲜的水果和蔬菜，以及鸡蛋、牛奶等富含蛋白质的食物，为机体补充所需要的营养。若用药后出现不适症状，建议新生儿尽早就医治疗，以免延误病情。