3岁男宝头上有缝隙是否严重需要根据具体情况判断。如果只是单纯的头顶有缝隙，并没有出现其他不适症状，则不严重；但如果同时伴有身体发育异常的情况，则比较严重。
1.不严重：如果是由于遗传因素引起的头顶有缝隙，并且没有伴随其他不适症状，通常不需要特殊治疗，属于正常现象，不会影响身体健康。因此不用过于担心，也不用进行特殊处理。
2.严重：但若是受到外伤后导致头皮受损所引起毛囊坏死造成的头顶有缝隙，并且还伴有生长缓慢、稀疏等不良反应时，则是比较严重的。如果不及时治疗可能会延误病情，甚至会影响正常的头发恢复。此时可以通过植发手术的方式进行改善，将后枕部健康毛囊提取出来，然后移植到脱发区域，能够有效促进新发的生长，在一定程度上可以达到改善的效果。
日常生活中家长要注意做好宝宝的护理工作，注意个人卫生，勤洗澡，保持清洁卫生，以免滋生细菌感染。若期间出现明显不适，还需及时就医诊治，避免耽误病情。