低位单纯性肛瘘复发率一般不高，通常在1%-5%左右。
低位单纯性肛瘘指的是只有一个瘘管，而且瘘管的位置比较低，在肛门的外括约肌深部以下。肛瘘是发生在肛管直肠周围的脓肿溃破或切口引流的后遗病变，大多是由于直肠肛管周围脓肿引起。其与肛周脓肿的区别在于，肛周脓肿是一种感染性疾病，而肛瘘是一种慢性炎症性疾病。
肛瘘大多需要通过手术的方法进行治疗，手术的过程中会将瘘管切开或切除，形成开放的切口，促进愈合。低位单纯肛瘘通常比较明确，一般不通过肛门括约肌，并且肛瘘的内外口和瘘管通常只有一个，所以比较容易判断手术的位置，所以手术后复发的概率相对较低。
低位单纯性肛瘘患者如果在术后注意护理，一般复发率较低。患者在术后应注意保持肛门清洁，便后清洗肛门，注意清淡饮食，禁烟禁酒，同时还需定期前往医院进行换药，避免伤口发生感染。